跑步几天后膝盖疼的原因可能有以下几点：
1.运动过度：如果跑步的强度过大或时间过长，可能会导致膝盖关节承受过大的压力，引起疼痛。
2.姿势不正确：跑步时如果姿势不正确，如膝盖内扣、过度伸直等，可能会增加膝盖的压力，导致疼痛。
3.肌肉力量不足：如果腿部肌肉力量不足，无法有效地支撑身体，也可能导致膝盖疼痛。
4.地面不平整：跑步时如果地面不平整，如石子路、水泥路等，可能会增加膝盖的冲击力，导致疼痛。
5.鞋子不合适：跑步时如果鞋子不合适，如鞋底太薄、太硬等，可能会影响膝盖的稳定性，导致疼痛。
6.其他因素：如膝关节受伤、关节炎、半月板损伤等，也可能导致跑步后膝盖疼痛。
如果跑步几天后出现膝盖疼痛，建议采取以下措施：
1.休息：停止跑步，给膝盖足够的休息时间。
2.冷敷：用冰袋或冷毛巾敷在膝盖上，每次15-20分钟，每天数次，可缓解疼痛和肿胀。
3.按摩：轻轻按摩膝盖周围的肌肉，缓解肌肉紧张。
4.拉伸：进行膝盖周围肌肉的拉伸运动，增强肌肉的柔韧性。
5.调整跑步姿势：保持正确的跑步姿势，避免膝盖内扣或过度伸直。
6.加强肌肉力量训练：通过进行腿部肌肉的力量训练，增强膝盖的稳定性。
7.选择合适的跑鞋：选择适合自己的跑鞋，提供良好的支撑和缓冲。
8.就医：如果膝盖疼痛持续时间较长或症状加重，建议及时就医，进行详细的检查和治疗。
需要注意的是，如果本身有膝关节疾病或其他健康问题，在跑步前应咨询医生的意见，避免加重病情。