两边肩胛骨痛的原因可能有以下几种：
1.肌肉劳损：长时间保持同一姿势或过度使用某些肌肉群，如长时间使用电脑、开车、做家务等，可能导致肌肉劳损和疼痛。
2.颈椎病：颈椎病变可能压迫神经根，导致肩胛区疼痛。
3.肩周炎：肩周炎是肩关节周围炎的简称，是以肩关节疼痛和活动不便为主要症状的常见病症。肩周炎可导致肩部疼痛和僵硬，有时疼痛可能放射到肩胛区。
4.心脏疾病：部分心脏疾病可能引起放射性疼痛，导致肩胛区疼痛。
5.肺部疾病：肺部感染、肿瘤等疾病可能刺激胸膜，引起肩胛区疼痛。
6.外伤：肩胛骨骨折、脱位或软组织损伤等外伤可能导致疼痛。
7.强直性脊柱炎：这是一种慢性炎症性疾病，主要影响脊柱和骶髂关节，也可能导致肩胛区疼痛。
8.其他：内分泌失调、肿瘤转移等也可能引起肩胛区疼痛。
如果出现两边肩胛骨痛，建议及时就医，进行详细的检查，如X光、CT、MRI等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意休息，避免长时间保持同一姿势，适当进行体育锻炼，保持良好的生活习惯。如果疼痛严重，可在医生的指导下使用止痛药。