三个月婴儿睡觉摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝中枢神经系统发育不完善，控制能力较差，常出现不自主和无目的的抖动。
2.湿疹：宝宝头部瘙痒，会通过摇头来缓解。
3.缺钙：宝宝缺钙会导致大脑及植物性神经兴奋性增强，导致宝宝出现多汗、夜惊、烦躁不安、摇头等症状。
4.头皮瘙痒：宝宝如果头部出汗多，没有及时清洗，汗液会刺激头皮，导致头皮瘙痒，宝宝也会通过摇头来缓解。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持宝宝头部清洁，及时清理汗液和口水。
2.如果宝宝有湿疹，可以在医生的指导下使用湿疹膏。
3.给宝宝补充维生素D和钙剂，多晒太阳。
4.如果宝宝摇头严重，影响睡眠，需要及时就医，排除其他疾病的可能。