3个月婴儿睡觉老是摇头，可能是正常的生理现象，也可能与疾病有关。以下是一些可能的原因：
1.正常的生理现象：
神经系统发育不完善：3个月以内的婴儿，由于神经系统发育不完善，大脑对下级中枢的控制能力较弱，可能会出现不自主的摇头动作。
头部出汗：如果室内温度过高、给孩子穿得过多或盖得太厚，导致孩子头部出汗，会使孩子感到不舒服，从而出现摇头的现象。
外耳道湿疹：如果孩子外耳道有湿疹，会因为瘙痒而出现摇头的动作。湿疹可能还会伴有皮肤发红、皮疹等症状。
维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病的孩子，由于血钙降低，会出现多汗、烦躁、睡眠不安、摇头等症状。同时，孩子还可能伴有方颅、鸡胸、肋骨串珠等骨骼改变。
2.疾病：
中耳炎：如果孩子患有中耳炎，会因为耳部疼痛而出现摇头的动作。中耳炎还可能伴有耳部流脓、听力下降等症状。
上呼吸道感染：上呼吸道感染的孩子，可能会因为鼻塞而出现睡觉不安、摇头的现象。同时，孩子还可能伴有流涕、咳嗽等症状。
如果孩子睡觉老是摇头，同时伴有其他异常表现，或者症状持续不缓解，建议及时带孩子到医院就诊，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。