三个月婴儿睡觉老是摇头，可能是正常的生理现象，也可能与疾病有关。以下是一些可能的原因：
1.正常的生理现象：
神经系统发育不完善：三个月的婴儿神经系统还没有完全发育成熟，容易出现兴奋和抑制过程不平衡的情况，导致睡觉时摇头。
出汗：婴儿新陈代谢旺盛，头部容易出汗，汗液刺激头皮会让孩子感到不舒服，从而出现摇头的现象。
湿疹：如果孩子头部有湿疹，也会因为瘙痒而出现摇头的情况。
2.疾病因素：
维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增加，孩子会出现多汗、摇头、烦躁、睡眠不安等症状。
中耳炎：如果孩子患有中耳炎，耳朵会疼痛，摇头可以缓解疼痛。
其他：脑部疾病、耳部疾病等也可能导致孩子睡觉摇头。
如果孩子只是偶尔摇头，没有其他异常表现，通常不需要特殊处理。但如果孩子摇头频繁，伴有多汗、烦躁、睡眠不安等症状，或者出现其他异常表现，家长应该及时带孩子去医院就诊，明确原因，并进行相应的治疗。
此外，家长在日常生活中要注意给孩子补充维生素D，多晒太阳，保持皮肤清洁，避免孩子头部过热。如果孩子有湿疹，要及时治疗。同时，要注意观察孩子的情况，如有异常应及时就医。