脾肾两虚多由多种因素导致。先天禀赋不足是原因之一，若父母体质较弱，遗传给子女的精气就相对匮乏，易使小儿在成长初期便存在脾肾虚弱的潜在倾向。
饮食不节
长期饮食不规律、过度偏食等会损伤脾胃。比如长期大量食用生冷寒凉食物，会使脾胃阳气受损，影响脾胃运化水谷精微的功能，进而累及肾脏，导致脾肾两虚。尤其对于儿童，若家长喂养不当，常给其吃过多零食、冷饮等，更易引发此类问题。
久病耗伤
患有慢性疾病且久治不愈时，身体正气持续消耗。像慢性肾炎、糖尿病等病症，会不断损耗脾肾之气，使脾肾的功能逐渐衰退，从而出现脾肾两虚的状况。老年人若本身有基础疾病，更易因久病出现脾肾两虚。
过度劳累
过度劳累包括体力劳动过度和脑力劳动过度。长期从事重体力劳动会损伤肾气，而长期用脑过度会耗伤脾气，最终导致脾肾两虚。现代社会中，一些工作压力大的人群，长时间处于高强度工作状态，就容易出现这种情况。