病原体方面
新冠病毒：新冠由新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引起，属于β属冠状病毒。
普通感冒：普通感冒多由鼻病毒、冠状病毒（如229E和OC43型）、副流感病毒、呼吸道合胞病毒等多种病原体引起。
临床症状表现差异
新冠病毒感染：新冠感染后症状多样，部分患者以发热、干咳、乏力为主要表现，也有患者会出现鼻塞、流涕、咽痛、嗅觉味觉减退或丧失、结膜炎、肌痛和腹泻等症状。重症患者多在发病一周后出现呼吸困难和（或）低氧血症，严重者可快速进展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒症休克、难以纠正的代谢性酸中毒和出凝血功能障碍及多器官功能衰竭等。不同年龄段人群症状可能有差异，儿童患者症状相对不典型，可能仅表现为发热、咳嗽，部分儿童可能出现呕吐、腹泻等消化道症状；老年人感染后发生重症的风险相对较高，症状可能更重，恢复时间可能更长。
普通感冒：普通感冒主要表现为上呼吸道症状，如鼻塞、流涕、打喷嚏等，全身症状相对较轻，一般无发热或仅有低热，很少出现呼吸困难等严重症状。
病程和预后不同
新冠病毒感染：新冠病毒感染的病程个体差异较大，轻型患者通常在1-2周左右恢复，普通型患者的恢复时间可能较长，一般2-3周甚至更久，部分患者可能会遗留一些后遗症，如乏力、气短、嗅觉味觉减退等，称为“长新冠”，尤其在年龄较大、有基础疾病的人群中更易出现。
普通感冒：普通感冒的病程相对较短，一般5-7天可自愈，预后良好，很少有后遗症。
传染性和传播力不同
新冠病毒感染：新冠病毒传染性较强，主要通过飞沫传播和接触传播，在人群密集且通风不良的场所还可能通过气溶胶传播，人群普遍易感。
普通感冒：普通感冒的传染性相对较弱，传播范围相对较窄。
实验室检查区别
新冠病毒感染：核酸检测是诊断新冠病毒感染的重要依据，若新冠病毒核酸检测呈阳性可确诊。血常规检查早期白细胞总数正常或减低，淋巴细胞计数减少；C反应蛋白（CRP）和血沉可升高，部分患者肌钙蛋白、乳酸脱氢酶、肌酸激酶同工酶、铁蛋白等升高。胸部影像学检查早期可呈现多发小斑片影及间质改变，以肺外带明显，进而发展为双肺多发磨玻璃影、浸润影，严重者可出现肺实变，胸腔积液少见。
普通感冒：普通感冒患者血常规一般无明显异常，病毒核酸检测为阴性，胸部影像学通常无异常表现。