肌肉骨骼问题
肩周炎：多见于50岁左右人群，女性相对多见，常因长期过度活动、姿势不良等慢性劳损引起，也可因肩部急性挫伤、牵拉伤后治疗不当等导致。主要表现为肩关节疼痛，逐渐加重，夜间明显，可放射至后背肩胛骨区域，同时伴有肩关节活动受限，尤其是外展、上举等动作困难。研究表明，肩周炎患者肩关节周围肌肉会出现不同程度的痉挛、粘连等病理改变，影响肩关节正常功能，进而导致后背肩胛骨疼痛。
背部肌肉劳损：长期不良的坐姿、站姿，如长时间伏案工作、弯腰驼背等，或者过度劳累进行重体力劳动等，都可能引起背部肌肉劳损。无论是年轻人还是中老年人都可能发生，一般没有明显性别差异。背部肌肉长期处于紧张状态，会导致肌肉纤维受损、炎症反应，从而引起后背肩胛骨周围肌肉疼痛，疼痛通常在劳累后加重，休息后可缓解。
颈椎病：多见于长期低头工作、学习的人群，如办公室职员、学生等，年龄跨度较大，没有明显性别差异。颈椎发生病变后，增生的骨刺、突出的椎间盘等可能压迫神经根，导致神经根支配区域出现疼痛，其中就包括后背肩胛骨区域。除了疼痛外，还可能伴有上肢麻木、无力、颈部疼痛、僵硬等症状。有研究显示，长期低头会使颈椎曲度改变，增加颈椎病的发病风险，进而引发后背肩胛骨疼痛。
创伤因素
肩胛骨骨折：多由直接暴力引起，如车祸撞击、高处坠落等外伤。任何年龄段都可能发生，受伤部位会出现明显疼痛、肿胀、淤血，肩胛骨区域有压痛，活动肩关节时疼痛加剧，局部可能出现畸形等表现。例如，高处坠落时肩部着地，就容易导致肩胛骨骨折，引起后背肩胛骨疼痛。
肩部软组织挫伤：多因肩部受到外力撞击、摔倒时肩部着地等原因导致，各个年龄段均可发生，无明显性别差异。肩部软组织受到损伤后，会出现局部疼痛、肿胀、淤血等症状，疼痛可牵涉到后背肩胛骨区域，一般通过休息、局部冷敷等处理后症状会逐渐缓解，但如果损伤较重，恢复时间可能较长。
内脏疾病牵涉痛
心脏病：尤其是心肌梗死，部分患者可表现为后背肩胛骨区域疼痛，多见于中老年人群，男性相对多见。这是因为心脏的感觉神经纤维会上传至脊髓节段，与支配后背肩胛骨区域的神经节段存在交叉，所以心肌缺血缺氧时，疼痛会放射至后背肩胛骨部位。除了后背肩胛骨疼痛外，还可能伴有胸痛、胸闷、心悸、出汗等症状，病情危急，需立即就医。
胆囊炎、胆结石：多见于中年女性，疼痛可放射至后背肩胛骨区域。胆囊的神经受到刺激后，疼痛信号会通过神经传导牵涉到后背肩胛骨部位。患者常伴有右上腹疼痛、恶心、呕吐、黄疸等症状，进食油腻食物后症状多会加重。
其他原因
强直性脊柱炎：多见于青少年男性，是一种慢性炎症性疾病，主要侵犯脊柱、骶髂关节等部位，也可累及肩胛骨周围的关节。病情逐渐进展，可出现后背疼痛、僵硬，早晨起床时症状明显，活动后可缓解，随着病情发展，脊柱活动度会逐渐降低，也可能导致后背肩胛骨疼痛。
肿瘤：肩胛骨本身的原发性肿瘤或其他部位肿瘤转移至肩胛骨，都可能引起后背肩胛骨疼痛。肿瘤生长会破坏骨质、刺激周围组织，导致疼痛，多见于中老年人。除疼痛外，还可能伴有局部肿块、消瘦、乏力等全身症状。