一、抗真菌药物治疗
（一）经验性抗真菌治疗
对于存在肺部真菌感染高危因素，如长期住院、广谱抗生素使用、免疫抑制状态等，但尚无真菌感染确诊依据的患者，可考虑经验性抗真菌治疗。例如，对于长期使用广谱抗生素导致免疫低下的老年患者，若出现肺部感染且常规抗感染无效时，需考虑经验性抗真菌治疗。常用药物有棘白菌素类，如卡泊芬净，其通过抑制真菌细胞壁葡聚糖合成发挥杀菌作用，对多种致病性真菌有效。
（二）抢先治疗
当患者有真菌感染的临床特征，如影像学改变、微生物学线索，但尚不能确诊时，进行抢先治疗。比如中性粒细胞减少伴发热的患者，胸部CT提示肺部有新的浸润影，同时半乳甘露聚糖试验等真菌学检查有阳性倾向，此时应及时进行抢先抗真菌治疗。常用药物有三唑类，如伏立康唑，对侵袭性曲霉病等有较好疗效，其作用机制是抑制真菌细胞色素P450依赖的14-甾醇去甲基化，影响真菌细胞膜合成。
（三）目标性抗真菌治疗
依据真菌学确诊结果选择针对性抗真菌药物。若确诊为白色念珠菌感染，可选用氟康唑，它能特异性地抑制真菌细胞色素P450依赖的14α-甾醇去甲基化，从而抑制真菌细胞膜主要成分麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用。对于曲霉感染，除伏立康唑外，艾沙康唑也是可选药物，其抗菌谱与伏立康唑类似，但药代动力学特性有一定优势。
二、免疫调节治疗
对于免疫功能低下导致肺部真菌感染的患者，如艾滋病患者合并肺孢子菌肺炎，在抗真菌治疗的同时，需进行免疫调节。肺孢子菌肺炎患者常存在细胞免疫功能低下，可适当使用免疫增强剂，如胸腺肽等，以帮助恢复机体免疫功能，不过使用时需考虑患者年龄、基础疾病等因素，对于儿童患者，要谨慎评估免疫增强剂的使用风险与收益。
三、手术治疗
一般肺部真菌感染以药物治疗为主，但在某些特殊情况下需手术干预。例如肺部真菌感染导致的局限性脓肿，经规范抗真菌治疗后仍无法控制，或怀疑有肿瘤可能时，可考虑手术切除。但手术治疗需充分评估患者全身状况，如老年患者心肺功能情况等，对于心肺功能较差的老年患者，手术风险较高，需谨慎权衡。
四、基础疾病治疗
积极治疗基础疾病对肺部真菌感染的康复至关重要。如糖尿病患者合并肺部真菌感染，需严格控制血糖，将血糖控制在合理范围（一般空腹血糖控制在7mmol/L左右，餐后血糖控制在10mmol/L左右），因为高血糖环境有利于真菌生长繁殖。对于长期使用免疫抑制剂的患者，如器官移植术后患者，需在保证移植器官功能的前提下，调整免疫抑制剂的使用方案，尽量降低免疫抑制程度，同时密切监测真菌感染情况。儿童患者若存在先天性免疫缺陷导致肺部真菌感染，除抗真菌治疗外，还需针对先天性免疫缺陷的具体类型进行相应的评估与可能的治疗干预，但要遵循儿科安全护理原则，避免使用不适合儿童的治疗方法。